Pymol是伟大的三维结构显示软件，于2009年被收购并完成商业化。好在该公司遵循守则仍然提供部分代码以让广大用户使用开源版本。Pymol版本众多，包含企业版（收费），政府版（收费：$199/年/人），学术/非营利版（收费：$99/年/人），教育版（无出版权限，即不可以用来发文章，也无光线追踪渲染功能，不可以Ray来获得高质量出版图片）。除了上述由该收购公司提供的版本还有开源版本，但该开源版本适用Linux系统，那么如何在windows上运行开源版本的Pymol呢？我们可以借助Anaconda软件，该软件是一个开源的Python和R语言的发行版本软件。
以下是安装步骤：
首先进入Anaconda官网下载该软件。
注：这里说明了Python的版本，因为Pymol是基于Python衍生的，所以需要python环境。
也可以在安装好anaconda后，从开始菜单中运行Anaconda Prompt，属于python查看版本号，如下图所示：
可以修改默认安装路径，使其不安装在C盘，但要注意安装路径不要出现中文（D:\我的软件\anaconda，这样是不行的，应改为）D:\mysoft\anaconda或者D:\ anaconda）。
勾选上add path：
然后去网站（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）下载最新的pymol开源扩展包的Windows二进制文件，以划线为例：
由于需要numpy+mkl and PMW环境，因此需要按照如下方法进行配置安装：
点击开始目录，运行“Anaconda Prompt”.
依次输入如下代码，按enter回车键：
conda create -n pymol
conda activate pymol
安装supporting packages
继续依次输入如下代码（#为说明，不用复制），按enter回车键
conda install -c anaconda pip # pip
conda install -c anaconda numpy # Numpy
conda install -c conda-forge pmw # PMW
至此，pymol环境已经成功安装好了。此时安装pymol就可以了。把我们刚刚下载的windows二进制文件，放入位于C盘的user对应文件夹下，如下图所示：
重新打开Anaconda Prompt，输入：pip install pymol-2.6.0a0-cp39-cp39-win_amd64.whl (后面的是我们下载的文件名)。至此，pymol已经正式安装完毕。
接下来，打开我们刚刚设置的anaconda的安装路径，笔者这里是D:\anaconda，Pymol被安装在D:\anaconda\Scripts，找到pymol.exe，创建一个快捷方式到桌面即可。
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